El terremoto ocurrió a las 3:10 de la tarde hora local (0610 GMT) y alcanzó una magnitud de 6,6, según la Agencia Meteorológica japonesa. El Servicio Geológico de Estados Unidos dijo que la magnitud fue de 6,4.
Las autoridades emitieron un alerta por un posible tsunami de 50 centímetros (1,6 pies) de alto, pero lo retiraron luego de una hora.
El sismo también se sintió en Taiwán, donde los residentes de Taipei sintieron cómo se sacudían los edificios.
No había información sobre daños ni víctimas en lo inmediato.
El terremoto tuvo su epicentro a 110 kilómetros (69 millas) de la costa sur de la isla Miyakojima, en el sur del país, a una profundidad de 10 kilómetros (seis millas), dijo la agencia japonesa.
La pequeña isla está a unos 1.800 kilómetros (1.120 millas) al suroeste de Tokio.
Japón es uno de los países más propensos a los terremotos en todo el mundo. En 1995, un sismo de magnitud 7,2 mató a 6.400 personas en la ciudad portuaria occidental de Kobe.
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